《难经》在脉法上对后世的影响是大的，当然最主要的还是《难经》提出的独取寸口这个独占医坛的诊脉方法，这就使后世脉法都成了《难经》的继承者。
《脉经》作为脉法的经典性质的文献，除去在《难经》的基础上完成完善了独取寸口法以外。《脉经》还大量地引用《难经》有关论脉之说，以丰富其内容。例如第一卷的“分别三关境界脉候所主第三”就是根据“二难”及“十八难”等综合发展面写成的。“辨尺寸阴阳荣卫度数第四”，是录“一难”、“二难”、“三难”全文面成的，“持脉轻世法第六”是录“五难”的全文。“辨脏腑病脉阴阳大法第八”的前半部分，是录的“九难”全文。“辨脉阴阳大法第九”的前半部分，为录自“四难”与“六难”全文的：只是次序略有更动参差而已。“纵横逆顺伏匿脉第十一”中的伏匿脉是录自“二十难”。第二卷“平奇经八脉病第四”中有部分内容录自“二十七难”、“二十八难”、“二十九难”。第四卷“辨三部九候脉证第一”中选用了“十八难”、“十四难”、“八难”等内容。“诊损至脉第五”选用了“十四难”的大部分内容和与“一难”相类似的观点方法。第五卷“扁鹊阴阳脉法第二”六经之脉与“七难”原则相同。但有出人，但这不一定是《脉经》选自《难经》，因为这种内容是各家各派各种文献均有的，何况在“扁鹊阴阳脉法”中只是串人“七难”的内容，亦不尽相同，所以对此只能提出作为参考，很难说就是引自《难经》的。在“扁鹊诊诸反逆死脉要诀第五”中有“人病脉不病者生，脉病人不病者死”一条，《难经》“第二十一难”正是对这两句话作解释分析的，并且前面还冠以“经言”二字，按《汉志》载，有《扁鹊内外经》，这有可能是《难经》依扁鹊内经作的“论”，而王叔和所引不好说是取自《难经》，倒是有可能取自于《扁鹊内外经》之文的。总之，《难经》以后的第一部脉学经典性质的专著《脉经》，不但采用并完善丁《难经》的独诊寸口法，形成了脉法的绝对权威著作，普及独取寸口法，为诊脉的独一无二的方法，还在《脉经》中几乎引用了《难经》有关论脉的全部篇章和内容，我们知道后世脉法都是原出于《脉经》的。这充分说明《难经》中有关脉诊部分对后来脉法发展的影响是巨大的、深远的。
《难经》是古医籍出现注解最早的和历代医家作注最多的。自三国，吴太医令吕广起，后如唐·杨立操、宋·丁德用、金元时张元素、滑寿等，明清时注家更多，域外医家如日本人名古屋玄医等，无虑数十家。近人于此书如张山雷等亦有注解研究。对《难经》的注解说明历代医家对它的重视。不但医家，世人亦向来重视《难经》，如宋苏轼说“医之有《难经》，句句皆理，字字皆法，后世达者，神而明之，如盘走珠，如珠走盘，无不可者，若示新意，而弃旧学，以为无用，非愚无知，则狂而已。譬如俚俗医师，不由经论，直授药方，以之疗病，非不或中，至于遇病辄应，悬断死生，与知经学古者，不可同日语矣。世人徒见其有一至之动，或捷古人，因谓《难经》不学而可，岂不误哉！”（《椤伽经》跋）。东坡是知医的，他的说法较之一般学者更具有代表性。《难经》确予后世医学以重大的影响。而其中有关脉学部分，则是《难经》为首的和主要的内容。
在历代医家传习《难经》时，有几个特点说明其影响之大，第一是过去可以说是无人不学此经。第二是由于篇幅不大，段落整齐分明，都是全文学习的。我们看《难经》向来世有“选本”就是很好的证据。第三在学习《难经》时，由于每“难”文字不长，而且易懂易记，都是背诵的，所以从普及的角度上讲，《难经》是医经中惟一的。由于《难经》深人浅出，切合实用，不但一般医家习用以为常，历代名医注释以为学，就是某些高才绝学之士，如明代的卢之颐、方以智等亦遵用之而无异议。至清末廖平始对此书脉法提出驳难，但某些论据亦不够充分，尽管《难经》不是没有缺点和受历史影响而致的若干不足，但廖氏的论点却步为人所接受，甚至于以廖氏之说为怪论。另外明清以来，坊间盛行将张世贤的《图注难经》与《图注脉诀》合刻为书，或者又加上李时珍的《濒湖脉学》形成了一种小丛书，各地复刻很多，流传极广，成为最常见必读的有关脉学的综合性、代表性书籍，近代石印、铅印的这这种书仍然是很多的。于此亦可以见到《难经》对后世医学的影响和对后世脉学的影响。
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